Czasem największego rozwoju Szczypiorna był okres, kiedy to stało się ono miejscowością graniczną pomiędzy Rosją i Prusami. Wymagało to inwestycji w potrzebną do obsługi ruchu granicznego infrastrukturę, taką jak budynek komory celnej. Na początku XIX wieku, w 1815 roku, wybudowano tutaj koszary dla garnizonu wojsk pogranicza oraz urząd celny. To przejście graniczne było jednym z ważniejszych w całym Imperium Rosyjskim.
Jak ważny był to punkt, niech świadczy fakt, że został on zakwalifikowany jako jeden z jedenastu na liście komór granicznych pierwszej klasy. W 1851 r. „Goniec Polski” pisał: „W królestwie polskiem jest jedenaście komór Iszej klasy: Warszawa, Wierzbołów, Pepłów, Nieszawa, Pyzdry, Szczypiorno, Praszka, Granica, Michałowie, Zawichost, Tomaszów. […] Warszawska komora pobiera cło od wszelkich towarów dozwolonych dla komór pierwszej i drugiej klasy i przyjmuje na skład z innych komór […] Na niektóre tylko komory przywozić wolno: Bronzy, alabaster, marmur, na komory Nieszawa, Szczypiorna, Granica Zawichost i przez nie Warszawa. […] Wszelkie wyroby szklane, zwierciadlane itp. Na komory Nieszawa, Szczypiorna, Granica, Zawichost. Wyroby wełniane: na wszystkie komory klasy pierwszej. Wymienione dopiero co towary nie mogą być wprowadzane ani oclone na innych komorach”.
W 1906 roku, w ramach budowy transgranicznego połączenia kolejowego Kalisza z Nowymi Skalmierzycami, do funkcjonujących tu komór celnych doprowadzono tory. Odbywał się tutaj dwukierunkowy ruch kolejowy zarówno towarowy, jak i pasażerski. Zbudowano także stację Szczypiorno, która została wyposażona we wszystkie urządzenia potrzebne do obsługi czynności celnych. Cała ta architektura znajdowała się na obszarze dzisiejszego magazynu Agromy. Funkcjonowanie tak ważnego punktu, jak komora celna było znacznym impulsem do rozwoju tej miejscowości. Z inicjatywy mieszkańców powstały liczne zajazdy, karczmy czy hotele. Działalność komory dobiegła kresu w 1914 roku, kiedy to obszary te zostały przejęte przez wojska pruskie.
Obecnie nadal możemy podziwiać wiele budynków, które stanowiły części komory celnej. Ich przeznaczenie dziś jest różnorodne – są one budynkami mieszkalnymi, magazynami, a najważniejsze z nich należą do Wyższej Szkoły Wymiaru Sprawiedliwości.
